沈文阿字国卫，吴兴武康人。父沈峻，以儒学闻名于梁代，授职为桂州刺史，未赴任。
文阿一性一情刚强，颇有体力，少时习学父业，一精一心研讨章句之学。外祖父太史叔明，舅父王慧兴均通晓经学，于是文阿颇受其传导。又博采先儒之异同，自己为之作义疏。治《三礼》、《三传》。经考察入选孝廉，任为梁临川王国侍郎，历任兼国子助教、五经博士。
梁简文帝为太子时，征引他为学士，深加礼遇，待到简文帝撰写《长春义记》时，曾使文阿大量抄撮异闻以扩充之。及至侯景作乱，简文帝另遣文阿招募士卒，入援京师。京城陷，文阿与张嵊同守吴兴，嵊败，文阿逃窜于山野之中。侯景一向闻其名，搜求他甚急，文阿穷极不知所措，便上树自缢，恰遇亲近之人相救，从投缳中跌下，折断了左臂。及至侯景乱平，高祖以文阿为州里同乡，表授为原乡县令，监江一陰一郡。
绍泰元年(555)，入京任为国子博士，不久领步兵校尉，兼掌仪礼。自太清之乱以来，台阁故事，全无存遗，文阿之父沈峻，在梁武帝时曾掌朝仪，颇有一些遗稿，于是文阿加以斟酌裁减撰述，礼制都由他而出。及至高祖受禅，文阿便弃官回武康，高祖大怒，派使者前往杀他。时值文阿族人沈恪为郡守，请求使者宽缓其死刑，并当即将沈文阿反绑束颈送交高祖，高祖看了看，笑着说：“迂腐的读书人啊，我看你还要做出什么呢？”于是赦免了文阿。
高祖崩，文阿与尚书左丞徐陵、中书舍人刘师知等商讨大行皇帝灵座侠御衣服之规格，语在《刘师知传》。及世祖即皇帝位，择定日期拜谒太庙，尚书右丞庾持奉诏派博士共议其礼。文阿上议说：
风俗之变化，有质鲁与文雅两种可能，圣贤借重机缘而设立教化，王侯公卿顺应时代而建立统治秩序。千人之国无君，不散则乱；万乘之国无主，不危则亡。当周朝隆盛之日，以周公旦叔父之亲，吕公、召公大臣之重，成王正当服丧之时，而管、蔡、武庚为祸，几乎倾覆了社稷。所以下葬之后便当有尊崇之礼仪，入殓之初便要受策命而服缁布冠，大抵是要显示天下之有主，虑及社稷可能有艰难之时。待到周朝末年，礼制败坏；便有合纵连横之举。有汉承其余弊，即使是像文帝、景帝那样置刑法而不用，也有七国连兵作乱之祸。新君们有的过了一个月便登尊位，有的在先君崩逝之日便称孤道寡，这都是想要有作为而为之，并非对礼制毫不在乎。今当国丧之日尽避为了印玺之重要而节哀，仍是未顺乎君臣之礼仪。按古礼，先君逝世退居宗庙以听群臣之政，今皇帝拜庙回朝，应临御太极殿，以正南而治国之尊，这正如周康王当朝，由一二重臣屏藩拥卫而登基。
至于贡献土产之礼节，周礼以玉作礼物，公、侯用王圭，子、男执璧，这是瑞玉。尊贵之礼物既已陈毕，又呈上祭品，天子以璧，王后用琮。秦烧毁典籍，威仪三千均已失传，叔孙通制定礼制，对旧则多有违背，进献礼品不用王圭，献祭品没有帛，公与王通同用璧，由鸿胪来传声赞导。像这样几种作法，古所未闻，后世加以沿袭，至梁代仍行之。举杯祝寿，国家之盛大庆典，奏四厢乐歌，歌奏鼓吹，极尽喜乐气氛。今当群臣隐忍悲伤，万民节哀之时，怎么能同于王朝更新，新君初立之礼呢？况且周康王时于宾客称奉王圭，没有长寿之献，这便是上古之准则，这点已勿庸置疑。进爵三次，奠爵三次，上宗说“飨”，这大抵是祭祀之傧从接受天地神明之降福，怎么会指的是贺酒呢！我认为今天子当坐正殿，只行献璧之仪，无贺酒之礼。谨撰《告庙还升正寝群臣陪荐仪注》一书另发。
诏准施行。不久迁通直散骑常侍，兼国子博士，领羽林监，又令于东宫讲解《孝经》、《论语》。天嘉四年(563)去世，时年六十一岁。诏赠廷尉卿。
文阿所撰《仪礼》八十余卷，《经典大义》十八卷，均行于世，许多儒者都传其学说。